Se encuentra localizado en el istmo de Tehuantepec y su cabecera es el pueblo del mismo nombre.
En adición, hacia el centro-sur del territorio municicpio se encuentra localizado un enclave del municipio de Guevea de Humboldt.
El municipio incluye en su territorio un total de 48 localidades.
Las principales, considerando su población del censo de 2010, son: El gobierno del municipio de Santiago Lachiguiri se rige por principio de usos y costumbres, mismo que se encuentra vigente en un total de 424 municipios del estado de Oaxaca y en las cuales la elección de autoridades se realiza mediante las tradiciones locales y sin la intervención de los partidos políticos.
El ayuntamiento de Santiago Lachiguiri está integrado por el presidente municipal, un síndico y un cabildo integrado por siete regidores.