El municipio fue nombrado en honor de Francisco I. Madero, político de la revolución mexicana.

[4]​ El municipio abarca 556.98 km² y se encuentra a una altitud promedio de 660 m s. n. m., oscilando entre los 200 y los 2900 m s. n. m.[1]​[5]​ Nejapa de Madero se encuentra dividido en dos territorios, separados por el municipio de Santa Ana Tavela.

La región occidental colinda al norte con San Pedro Quiatoni y Santa Ana Tavela; al este con Santa Ana Tavela, San Carlos Yautepec y San Juan Lajarcia; al sur con San Juan Lajarcia y San Carlos Yautepec; al oeste con los municipios de San Carlos Yautepec y San Pedro Quiatoni.

La sección oriental colinda al norte con los municipios de San Carlos Yautepec, Santiago Ixcuintepec y Santiago Lachiguiri; al este con Santiago Lachiguiri; al sur con Santa María Totolapilla, Magdalena Tequisistlán y San Carlos Yautepec; al oeste con San Carlos Yautepec.

[5]​ De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 7390 personas.