Se encuentra ubicado en el noreste de la entidad, siendo su cabecera el poblado de San Juan Mazatlán.
Tiene una extensión territorial de 1632.912 kilómetros cuadrados que equivalen al 1.73% del territorio estatal.
El municipio incluye en su territorio un total de 36 localidades.
Las principales, considerando su población del censo de 2010, son: El gobierno del municipio de San Juan Mazatlán se rige por principio de usos y costumbres, mismo que se encuentra vigente en un total de 424 municipios del estado de Oaxaca y en las cuales la elección de autoridades se realiza mediante las tradiciones locales y sin la intervención de los partidos políticos.
El ayuntamiento de San Juan Mazatlán está integrado por el presidente municipal, un síndico y un cabildo integrado por tres regidores.