Está localizado en la región Sierra Norte y en el distrito de Mixe, ubicados en el noreste del territorio estatal.

[3]​ Las principales localidades del municipio y su población en 2020 son los siguientes: El gobierno de San Juan Cotzocón corresponde al ayuntamiento.

El periodo constitucional comienza el día 1 de enero del año siguiente a su elección.

[5]​ El Ayuntamiento se integra por el presidente municipal, un Síndico y un cabildo formado por siete regidores.

Todas estas autoridades son electas mediante el sistema de usos y costumbres.