Se encuentra localizado en el istmo de Tehuantepec al sureste del territorio estatal.

Su territorio es mayoritariamente plano, fluctuando su altitud solo entre 0 y 500 metros sobre el nivel del mar.

El municipio de Matías Romero es territorialmente discontinuo, formado por un sector principal y un exclave separado por el territorio del municipio de San Juan Guichicovi.

Por tanto su elección es como en todos los municipios mexicanos, por sufragio directo, universal y secreto para un periodo de tres años no renovables para el periodo inmediato pero si de forma no consecutiva; el periodo constitucional comienza el día 1 de enero del año siguiente a su elección.

[4]​ El Ayuntamiento se integra por el presidente municipal, un Síndico y un cabildo formado por diez regidores.