Su cabecera es el pueblo del mismo nombre.

Tiene una superficie territorial de 732.048 kilómetros cuadrados que equivalen al 0.70% de la superficie estatal.

El municipio limita al norte con el municipio de Santa María Totolapilla, el municipio de Santiago Lachiguiri y el municipio de Santa María Guienagati; al noreste con el municipio de Santiago Laollaga y al este con el municipio de Magdalena Tlacotepec y el municipio de Santa María Mixtequilla; al sur limita con el municipio de Santo Domingo Tehuantepec, al oeste con el municipio de Magdalena Tequisistlán y al noroeste con el municipio de Nejapa de Madero.

El municipio se encuentra formado por 23 localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2020 son: Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de Santa María Jalapa del Marqués se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal:

Conformacion del ayuntamiento El Ayuntamiento de Santa María Jalapa del Marqués está conformada por un presidente municipal, un síndico, 3 regidores electos por mayoría y 2 regidores por integración.