El municipio tiene una extensión territorial de 680.417 kilómetros cuadrados que representan el 0.73% del territorio total de Oaxaca.
Se encuentra localizado en el extremo sureste del estado de Oaxaca, siendo parte de su territorio las extensas barras que separan la Laguna Inferior y el Mar Muerto del Golfo de Tehuantepec en el océano Pacífico.
Tiene como coordenadas geográficas extremas 16° 00' - 16° 25' de latitud norte y 93° 59' - 94° 45' de longitud oeste, y la altitud del territorio va de 0 a 200 metros sobre el nivel del mar.
El municipio incluye en su territorio un total de 37 localidades.
El ayuntamiento de San Francisco del Mar está integrado por el presidente municipal, un síndico y un cabildo integrado por cinco regidores.