La misma se localiza a 200 m s. n. m., abarca unas 27 000 hectáreas (270 km²).

[1]​ Mientras que durante el verano, otoño e invierno la laguna funciona como un estuario,[2]​[3]​ su salinidad y temperatura indican que durante la primavera funciona como un antiestuario.

Las laguna inferior junto con el mar de Tilme y una barrera de arena separan a la laguna Superior de la influencia del Océano Pacífico.

Los estudios de sedimentos realizados indica que en los últimos 7000 años una barrera de arena se desarrolló hacia el este a partir de la desembocadura del río Tehuantepec.

Forma parte del sistema de lagunas del istmo de Tehuantepec, junto con las lagunas Quirio, Occidental, Oriental y Superior.