Las colindancias del municipio corresponden al norte con el municipio de San Miguel Chimalapa, al oeste con el municipio de Santiago Niltepec y con el municipio de San Francisco Ixhuatán, al suroeste con el municipio de Reforma de Pineda y con el municipio de San Francisco del Mar; y al sur y sureste con el municipio de San Pedro Tapanatepec.

Al extremo oriental el territorio municipal limita con el estado de Chiapas, sin embargo estos límites no se encuentran completamente definidos y son motivo de conflicto entre los gobiernos de Oaxaca y Chiapas, y sobre todo entre las poblaciones locales, como en la zona de Los Chimalapas; esto implica que el límite de Santo Domingo Zanatepec pueda corresponder a los municipios chiapanecos de Belisario Domínguez o de Cintalapa.

El municipio incluye en su territorio un total de 42 localidades.

El gobierno le corresponde al ayuntamiento, conformado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por cinco regidores.

Todos son electos mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que pueden ser renovables para un periodo adicional inmediato.