El municipio abarca 549.444 kilómetros cuadaros y se encuentra a una altitud que oscila entre los 0 y los 900 metro sobre el nivel del mar, sus coordenadas geográficas extremas son 16° 24' - 16° 39' de latitud norte y 94° 24' - 94° 48' de longitud oeste.
Colinda al norte con el municipio de San Miguel Chimalapa, al este con el municipio de Santo Domingo Zanatepec, al sureste y sur con el municipio de San Francisco Ixhuatán y al suroeste con el municipio de San Dionisio del Mar y con el municipio de Heroica Ciudad de Juchitán de Zaragoza, y al oeste con el municipio de Unión Hidalgo y con el municipio de Santo Domingo Ingenio.
El gobierno le corresponde al ayuntamiento, conformado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por cinco regidores.
Todos son electos mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que pueden ser renovables para un periodo adicional inmediato.
Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de Santiago Niltepec se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal: