Santo Domingo Ingenio se localiza en el sureste del estado, forma parte de la Región Istmo y del Distrito de Juchitán.

Sus coordenadas extremas son 16° 29' - 16° 40' de latitud norte y 94° 37' - 94° 49' de longitud oeste y su altitud va de 0 a 700 metros sobre el nivel del mar.

El municipio incluye en su territorio un total de nueve localidades.

El gobierno le corresponde al ayuntamiento, conformado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por tres regidores.

Todos son electos mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que pueden ser renovables para un periodo adicional inmediato.