Limita al norte y al oeste con el municipio de Santo Domingo Zanatepec y al sur —a través del Mar Muerto— con el municipio de San Francisco del Mar; además en el centro del territorio municipal se encuentra enclavado el municipio de Chahuites.

Al este el municipio confina con el estado de Chiapas, sin embargo estos límites no han sido aceptados por ambos estados y son fuente de conflicto entre los mismos, como consecuencia en dicho territorio Chiapas ha creado el municipio de Belisario Domínguez, que no ha sido reconocido por todas la instancias legales, y con el cual limitaría San Pedro Tapanatepec, pero no ser legal su creación entonces el límite correspondería a los municipios de Cintalapa y Arriaga.

El municipio incluye en su territorio un total de 142 localidades.

El gobierno le corresponde al ayuntamiento, conformado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por seis regidores.

Todos son electos mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que pueden ser renovables para un periodo adicional inmediato.