Está constituido por un acantilado marino en el que la acción erosiva del mar ha dejado al descubierto el interior de un pitón traquítico, donde se observan coladas en disyunción columnar que han dado origen a su nombre.

La erosión marina ha dejado al descubierto el conjunto, poniendo de relieve la disyunción columnar de Los Órganos, elemento que da nombre al monumento natural.

En el acantilado se ponen de relieve las intrusiones plutónicas, destacando los gabros olivínicos en la zona superior y las wehrlitas y piroxenitas en la inferior, todas ellas atravesadas por una densa red de diques.

En cuanto a la vertebrada encontramos reptiles como el lagarto tizón gomero (Gallotia caesaris gomerae), la lisa (Chalcides viridanus coeruleopunctatus) y el perenquén (Tarentola gomerensis).

Entre los mamíferos presentes destacan las especies introducidas (cabras, ovejas, roedores y gatos) muy negativas para el ecosistema.