[1] El monasterio quedó establecido en una zona de la ciudad conocida como el arrabal de San Francisco,[2] que quedaba fuera del recinto amurallado.[7] Y Blanca Alfonso de Molina también dejó establecido un aniversario anual por su alma, que debería ser celebrado por diez capellanes, y para ello destinó 500 maravedís procedentes de las salinas de Almallá y Traid, aunque posteriormente la cantidad se redujo a 400 maravedís.[8] A principios del siglo XVI se llevó a cabo la reforma de la Orden franciscana, primero por los Reyes Católicos y posteriormente por el Cardenal Cisneros.[12] La iglesia quedó abandonada durante varias décadas, hasta que en 1886 el monasterio fue ocupado por las Hermanas de la Caridad de Santa Ana, que crearon un Hospital para personas pobres, al que llamaron Hospital de Santo Domingo.[13] Originalmente la iglesia del monasterio fue edificada en estilo gótico,[14] pero posteriormente fue reedificada entre los siglos XVI y XVIII, coincidiendo con la época de mayor esplendor de la ciudad.Diversos autores señalan que, aunque no hay documentación sobre ello, el estilo de la torre se corresponde con el de finales del siglo XVIII.
