La construcción del monasterio fue paulatina, con tres etapas claramente diferenciadas: románica, de la que quedan pocos vestigios, prácticamente la parte inferior de los ábsides, gótica, del siglo XIII, en que se termina los ábsides y se construye hasta el transepto, y la posterior al siglo XVI, en la que se continúa la construcción de la nave central.
El patronazgo de los ricoshombres Haro quedó vigente hasta la extinción del linaje en 1322.
[3] Durante los siglos XVII y XVIII se completó el claustro en un estilo neoclásico bastante sencillo.
En el siglo XVI la abadesa Isabel Téllez ordenó la ampliación de la nave central, dejando a la iglesia con una planta bastante peculiar.
[4] Sin embargo, el propio Moya Valgañón rectificó más tarde, pasando a atribuírselas a Alonso Gallego, pintor procedente de Medina del Campo pero asentado en Nájera desde fines del siglo XV hasta su muerte en 1546, documentado junto con Melgar en Santo Domingo de la Calzada.
Su forma es la de un gran tríptico, mezclando escultura, en sus calles centrales, y pintura en las laterales.
En el centro se encuentra una talla gótica del siglo XIV, con las características habituales, rostro hierático, corona, niño sobre una rodilla, y mano en alto sujetando una flor.
La sala capitular se inició en el siglo XII y fue terminada a finales del XIII.
Los motivos vegetales se corresponden con diversas plantas típicas en La Rioja, destacando varias vides y uvas.
La urna se apoya sobre lobos (símbolo emblemático para los López de Haro), perros y cerdos.
En sus cuatro costados se encuentran esculpidas secuencias de su subida al cielo y entierro.
En sus muros se encuentran varias puertas que comunicaban con las diferentes estancias conventuales, como dormitorios, calefactorio, refectorio o Cilla.