Sin embargo, tras cuatro años, pudo retomar sus estudios y desarrollar una vocación al sacerdocio que ya había sentido desde niño.

Se ordenó sacerdote a los 26 años, hacia 1030, y ofició en la iglesia de Cañas, pero, sediento de una espiritualidad superior, se fue entre 1031 y 1033 como ermitaño a una caverna aislada y secreta de la hoy llamada Sierra de la Demanda y por entonces Montes Cogollos.

En 1033 abandonó su retiro y se incorporó como monje benedictino al monasterio de San Millán de la Cogolla, donde fue ascendido a maestro de novicios y luego a prior.

Su fama de milagrero y taumaturgo en vida y tras su muerte lo volvió un santo muy popular en la comarca y, por su fama y encomiable gestión, tanto de la vida como del patrimonio monástico, la abadía tomó en lo sucesivo el nombre de Santo Domingo de Silos.

[1]​ Gonzalo de Berceo escribió en el siglo XIII su Vida de Santo Domingo de Silos, basándose en fuentes latinas y en particular en una hagiografía que le escribió un monje benedictino compañero suyo, Grimaldus: la Vita Beati Dominici Confessoris Christi et Abbatis o Dominicus Exiliensis seu de Silos abbas, de la que escribió dos versiones casi al filo del siglo XII y en la que se constata ya la gran fama de taumaturgo que Domingo llegó a alcanzar.