[2] McGary no solo era el mejor ala-pívot reclutado consensuado en la nación, sino también el mejor hombre grande (en inglés: big man) según la mayoría de las fuentes de la época.[3] Después de su firma, sin embargo, McGary cayó en el ranking ya que sus deficientes habilidades ofensivas fueron evidentes.Jugó en las ligas de baloncestos YMCA y Amateur Athletic Union (AAU) en su juventud, y su padre, Tim, quien nunca había practicado deportes de equipo, lo entrenó hasta el cuarto grado.Cuando era más joven, su padre pensó que su futuro deportivo estaba en el béisbol.Jugó en 2007-08 con el equipo del instituto Chesterton High School en su primer año como freshman.Se unió al equipo de baloncesto en la siguiente temporada y jugó dos años.Fue invitado a participar en el quinto anual Nike Global Challenge del mes siguiente.Sin embargo, a finales de ese mes, participó en el evento Boost Mobile Elite 24, donde destrozó un tablero.Debido a que McGary no le gusta ser el portador de malas noticias, cuando redujo su lista, tenía a su padre en contacto con los entrenadores de los equipos que ya no estaban en pelea por sus servicios.McGary programó su visita oficial a Míchigan para el inicio de septiembre.Sin embargo, debido a las lesiones sufridas unas semanas antes, mientras rompió el tablero, solo jugó una serie de partidillos en Duke.En ese tiempo extra, McGary falló un tiro libre para empatar el partido con 17,3 segundos restantes.Su equipo derrotó al instituto Massanutten Military Academy y a Notre Dame Prep para llegar a la final el 7 de marzo del Campeonato Nacional de Preparatoria contra el instituto Hargrave Military Academy.Su instituto Brewster ganó el partido del Campeonato Nacional de Preparatoria.Seis días más tarde, McGary representó al USA Basketball en la decimoquinta edición del Nike Hoops Summit como parte del Equipo de la Selección Nacional Junior USA de 2012.[9] En los partidos posteriores, Morgan continuó renqueante, jugando pocos minutos o ninguno.[10] El 9 de febrero, McGary jugó 32 minutos en una derrota en la prórroga ante Wisconsin, finalizando con 12 puntos, 3 robos y 8 rebotes.[11] Morgan regresó a la alineación titular el 17 de febrero contra Penn State, pero solo jugó 7 minutos.En las finales regionales el 31 de marzo contra Florida, McGary contribuyó con 11 puntos y 9 rebotes, incluyendo 8 puntos en una ventaja que abrió Michigan de 13-0 para iniciar el partido.McGary también añadió un récord personal de 5 robos durante su cuarta titularidad consecutiva.[16] McGary y Stauskas se unieron al Jugador Más Destacado Trey Burke en el mejor quinteto de la Regional Sur.En sus seis titularidades en el Campeonato de la NCAA, promedió un doble-doble con 14,3 puntos y 10,8 rebotes.Más tarde ese mes, McGary, unido a McDermott, Smart, Wiggins y Julius Randle fue primer equipo All-American en la pretemporada por USA Today.Dick Vitale lo seleccionó en su equipo All-Solid Gold de la pretemporada (junto con McDermott, Smart, Russ Smith y Aaron Craft).[19] McGary registró un doble-doble con 14 puntos y 12 rebotes en su tercer partido, el 22 de noviembre en la semifinal del Puerto Rico Tip-Off contra Florida State.El 3 de diciembre, McGary registro 15 puntos y 14 rebotes contra Duke.[21] El 21 de diciembre, McGary se sentó contra Stanford debido a diversos problemas físicos.McGary firmó con el agente deportivo Mark Bartelstein (junto con su compañero de equipo Stauskas).McGary fue seleccionado en la primera ronda en el puesto número 21 por los Oklahoma City Thunder.En su primera temporada alternó su participación el primer equipo con la asignación a los Oklahoma City Blue de la NBA Development League, jugando 32 partidos en los que promedió 6,3 puntos y 5,2 rebotes.
McGary tomando un tiro contra Quinn Cook y Josh Hairston en un partido de rivalidad contra
Duke