El ministerio de salud fue creado el año 1938 y su primer ministro de salud fue el médico Alfredo Mollinedo.
Durante los 2 primeros años de funcionamiento del ministerio, este fue autónomo y su primer ministro fue el médico Alfredo Mollinedo En el año 1940 y durante el gobierno del presidente Enrique Peñaranda Castillo, se decide fucionar al entonces Ministerio de Higiene y Salubridad, pasando de esa manera a depender del Ministerio de Trabajo y Previsión Social, mediante ley del 12 de noviembre de 1940.
Después de 7 años de permanecer junto al ministerio de trabajo, en el año 1947 y ya durante el gobierno del presidente Enrique Hertzog Garaizábal se decide restituir nuevamente el Ministerio de Higiene y Salubridad, siendo de esa manera separado definitivamente del ministerio de trabajo y previsión social mediante ley del 9 de mayo de 1947[1] El 16 de junio de 1995, durante el primer gobierno del presidente Gonzalo Sánchez de Lozada, se dispone mediante Ley 1627, que el entonces Ministerio de Prevision Social y Salud Pública descienda de rango y pasa a denominarse como Secretaria Nacional de Salud para depender del entonces Ministerio de Desarrollo Humano.
Desde 1997 hasta 2020, los ministros de salud que por más tiempo permanecieron en el cargo de manera continua fueron los siguientes: Ariana Campero Nava (con 3 años y 4 meses), Juan Carlos Calvimontes (con 3 años) y Guillermo Cuentas (2 años y 8 meses) y de manera discontinua Nila Heredia (con 3 años y 8 meses).
"El Dr. Aníbal Cruz, expresidente del Colegio Médico, ahora es ministro de Salud" Página Siete Digital.