Deseando labrarse fortuna, pasó a Panamá, donde se enroló en las huestes que Diego de Almagro reclutaba para apoyar a su socio Francisco Pizarro en la exploración de las nuevas tierras situadas más al sur, lo que a la postre permitió el descubrimiento del Imperio inca.

Participó luego en la marcha hacia el Cuzco, donde quedó impresionado por la majestuosidad de sus construcciones.

Por entonces debió empezar otra relación de la conquista que recién sería publicada en el siglo XX, titulada El descubrimiento y la conquista del Perú, escrita en forma muy detallada y animada.

Sayri Túpac la recibió con muestras de fingido contento, ya que en el fondo detestaba tal insignia por haber pertenecido a un inca usurpador que había suplantado y matado al legítimo inca, Huáscar, y causado tantos males a su familia.

Al menos así lo relata el Inca Garcilaso en su Segunda parte de los Comentarios Reales o Historia General del Perú.

Hasta inicios del siglo XX, no se conocía de Estete más que su relato sobre la expedición a Pachacámac, que insertó el cronista Jerez en su obra, como Una relación del viaje que hizo el señor capitán Hernando Pizarro por mandado del señor Gobernador, su hermano, desde el pueblo de Caxamalca a Pachacamac y de allí a Jauja, donde se narra dicho acontecimiento con riqueza de detalles sobre el paisaje, los habitantes, sus costumbres, etc.

Estete habría dirigido y presentado esta última Relación al Supremo Consejo de Indias en un viaje que hizo a España.

Posiblemente la terminó de escribir en 1542, pero lamentablemente se ha extraviado su última parte.