[1]​ Allí adquirió la experiencia necesaria con jugadores como Jorge Soto, Erick Torres, Roberto Palacios, Flavio Maestri, Luis Alberto Bonnet, Julinho entre otros.

En el año 2003 juega su segunda Copa Libertadores, luego sale campeón del Torneo Apertura; al año siguiente juega su tercera Copa Libertadores.

En el año 2005 jugó su cuarta Copa Libertadores con el cuadro rimense y a finales de año obtiene nuevamente un campeonato nacional, ganando la final al Cienciano en la ciudad de Arequipa, siendo este su segundo título con el equipo bajopontino.

Al siguiente año emigra a Cienciano y en 2007 regresa a Club Sporting Cristal, tras un frustrado pase al Dinamo Bucarest de Rumania.

Villalta jugaría en el equipo rimense hasta mediados del año 2010.