En París conoce a otro sirio, Salah Bitar, que comparte las mismas preocupaciones.
El ideario político nacionalista que comparten es laico (Aflaq era cristiano ortodoxo y Bitar musulmán suní) y contrario a la ideología panislámica que domina buena parte de la escena política del momento.
Aflaq y Bitar son contrarios también, por tanto, a los nacionalismos locales en los distintos países y territorios árabes, de cuya existencia culpan al imperialismo europeo para perpetuar la división de la nación árabe.
Precisamente Aflaq y Bitar alegan que, al acabar la Primera Guerra Mundial con la destrucción del Imperio otomano, los pueblos árabes liberados del dominio otomano no pudieron unirse en un solo Estado por influencia de las potencias vencedoras, que prefirieron dividir a la nación árabe creando diversos Estados sin verdaderas bases nacionales.
En los años de la Segunda Guerra Mundial los nacionalistas de Aflaq canalizan el descontento que suscita en la opinión pública árabe el apoyo del presidente estadounidense Franklin D. Roosevelt a las pretensiones sionistas sobre Palestina y a los reclamos de los colonos judíos para fundar un Estado propio allí.
Aflaq fue elegido entonces secretario general del Partido Baath, cargo que ejerció hasta su muerte.
Aflaq fue nombrado dirigente del Partido Baath en Irak, pero lo cierto es que fue un personaje decorativo cuyas críticas al régimen fueron poco menos que ignoradas, así como sus alegatos en favor de las libertades y de la justicia social.
Su cuerpo fue enterrado en Bagdad, en un mausoleo diseñado por Chadagee, recibiendo suntuosos funerales de Estado ampliamente cubiertos por la prensa estatal iraquí.
El gobierno de Saddam Husein afirmó que Aflaq se había convertido al islam antes de morir, pero que se había evitado dar publicidad a este hecho para evitar interpretaciones políticas; no obstante, la familia y entorno de Aflaq dudaron de esta versión alegando que, por el contrario, Aflaq era un decidido partidario del laicismo y rehusaba mezclar sus ideas socialistas con la religión, cualquiera que fuese.