[3]​ Sin embargo, en Japón usualmente no se es referido a él como un «clon»; Kubo Masakazu, productor ejecutivo de Pokémon The First Movie: Mewtwo Strikes Back — primera película de Pokémon, en la que Mewtwo es protagonista —, explicó: «evitamos intencionalmente utilizar el término 'kuron' [clon]... Porque la palabra tiene una sensación aterradora».

[7]​[8]​ Más adelante en el juego, se le es dada al jugador la posibilidad de capturar a Mewtwo en la cueva Celeste (Cerulean Cave) —llamada Mazmorra Rara (Unknown Dungeon) en Red y Blue—, accesible tras haber derrotado a los jefes finales del videojuego, la Elite Four, y al rival del jugador.

[12]​[13]​ En Pokémon X e Y aparece en la nueva Mazmorra Rara, a la que se puede acceder después de terminar el juego y se encuentra en la Villa Pokémon.

[17]​[18]​ mientras que en otros títulos como Pokémon Snap ha hecho breves cameos, pues aparece una vez se hayan cumplido ciertas condiciones.

Además, también se cuenta los primeros encuentros de Mewtwo con Giovanni (el líder del Team Rocket) y Ash Ketchum y compañía, creando clones de otros Pokémon, siendo más poderosos como él.

·Mewtwo: El Regreso (2000): Continuación de la 1º Película de Pokémon, en donde Mewtwo es perseguido por Giovanni y el Team Rocket y se vuelve a encontrar con Ash, quién junto a sus amigos, lo protegen.

Luego en la batalla contra Pikachu (Ryan Reynolds) es liberado por Tim Goodman (Justice Smith).

·Viajes Pokémon (2020): En un capítulo de la temporada 23, Mewtwo de la 1º Película cuida los Pokémon que fueron abusados por humanos, hasta que Ash se reencuentra con él y Goh lo conoce por primera vez.