Tras el golpe de Estado del teniente coronel Felipe Santiago Salaverry se retiró a la vida privada (1835).

[1]​ En octubre de 1841 fue acreditado como ministro plenipotenciario en el Ecuador, y fue en ese momento, cuando el Perú afrontaba un conflicto con Bolivia, que los ecuatorianos empezaron a reclamar como suyas las peruanas provincias de Jaén y Maynas.

León fue recibido en audiencia por el mismo presidente ecuatoriano, Juan José Flores, quien desconocía el tratado Pando-Novoa firmado por ambas naciones en 1832 (donde Ecuador había reconocido los límites vigentes con el Perú) pues lo consideraba solo como un «proyecto», y que, por ende, según su peculiar interpretación, estaba pendiente el cumplimiento del tratado de 1829 celebrado entre Perú y la Gran Colombia.

Ante tal actitud, a León no le quedó sino dar por terminada su misión y retornar al Perú en enero de 1842.

Según Basadre, el Perú corrió por esos años (1841-1842) un serio peligro de que su territorio se repartiera entre sus vecinos.