[2]​ En 2001 el juzgado mixto de San Ignacio ordenó el desalojo del pueblo, cosa que aparentemente se dio, pero los mismos colonos terminaron volviendo a asentarse, lo que provocó indignación entre los awajún representados por la Organización Aguaruna de San Ignacio (ORASI); ese mismo año se intentaron otros dos desalojos pero en todos, los colonos y sus familias terminaban volviendo, en esas intentonas se registraron que hasta las mujeres en estado de gestación participaban en los enfrentamientos con la policía para evitar la destrucción de sus casas.

[2]​ Las autoridades de la municipalidad provincial y el Poder Judicial de San Ignacio fueron notificados por el ORASI, pero no le tomaron demasiada importancia al no imaginarse la magnitud que su negligencia causaría.

[2]​ La Policía Nacional del Perú (PNP) y la Defensoría del Pueblo del Perú fueron las únicas instituciones que intentaron evitar el enfrentamiento, la primera con tropas traídas desde Utcubamba y Bagua para desalojar de una vez a Flor de la Frontera, y la segunda intentado convencer a ORASI de no realizar acción alguna por ellos mismos.

[2]​ El intento policial volvió a tener los mismos resultados, los colonos volvieron a la localidad cuando los policías se fueron, mientras que ORASI justificó su decisión al mencionar que tenían el aval del juzgado mixto de San Ignacio ya que «quedaba a la voluntad de la propia comunidad efectuar el desalojo».

[5]​ Los cadáveres presentaban golpe mortales en el cráneo, descuartizamiento con machete y disparos por fusilamiento, los awajún se ensañaron con los bebés varones al romperles la cabeza, mientras que tanto sobrevivientes como cadáveres de mujeres registraban violencia sexual.

Varios awajún informaron que cometerían nuevas masacres en todas las localidades del sector de San Pedro si no se retiraban; el fiscal Carlos Osores dijo que no se pudo realizar necropsia de los cadáveres por la falta de recursos para trasladarlos a Jaén, por lo que sus restos fueron entregados a sus deudos.