En 1986 se diplomó en Estudios Europeos Superiores en Administración Pública Europea en el Colegio de Europa de Brujas, y en 1987 obtuvo una maestría en Administración Pública y Política en la London School of Economics.
En 1993 formó parte del gabinete de los comisarios europeos Abel Matutes y Marcelino Oreja Aguirre.
No se presentó a las elecciones al Parlamento Europeo de 2009.
[2] Margaritis Schinás habla griego, inglés, francés y español.
Está casado con la española Mercedes Alvargonzález,[3] a la que conoció siendo ambos estudiantes en el Colegio de Europa en Brujas.