Cada campus es administrado por sus respectivos órganos de gobierno bajo la legislación belga y polaca.
[1] Finalmente, en 1998 un grupo de antiguos alumnos crea la Fundación Europea Madariaga.
Se compone de diversos edificios históricos dedicados a administración, clases y servicios.
Asimismo, el Colegio cuenta con una de las mejores bibliotecas dedicadas a estudios europeos del mundo.
En febrero de 2019, el periódico “EUobserver” publicó una serie de artículos demostrado que el que el instituto basado en Brujas fue pagado por el gobierno saudí para organizar encuentros privados con embajadores saudíes, funcionarios europeos, y diputados del Parlamento Europeo.
[4] En respuesta a una pregunta de la eurodiputada Marietje Schaake sobre este tema, la Comisión Europea explicó que no había evidencia sobre los hechos reportados.
Según el artículo, la administración del Colegio habría cerrado los ojos ante esta situación.