La UNU es un organismo autónomo de las Naciones Unidas, cuya Carta establece su plena independencia universitaria.
Trabaja en estrecha colaboración con la Secretaría de la ONU, la UNESCO y otras organizaciones del sistema de Naciones Unidas, y por su intermedio se fortalecen los vínculos con la comunidad universitaria internacional.
La UNU está dirigida por un rector y tiene su sede central en Tokio, Japón, con dos sedes alternas en Nueva York (UNU/ONU) y París (UNU/UNESCO).
En la actualidad, la Universidad de las Naciones Unidas cuenta con ocho Centros y Programas de Investigación y de Formación, cada uno con su mandato específico, situados en diferentes partes del mundo.
La UNU trasladó su Institute of Advanced Studies a Minato Mirai 21 en Yokohama, Japón en marzo de 2004.