María Magdalena de Austria-Tirol (¿?, 17 de agosto de 1656 - ¿?, 21 de enero de 1669), archiduquesa de Austria.
María Magdalena era la segunda hija del archiduque Fernando Carlos de Austria-Tirol y de su esposa, Ana de Médici, la hija del gran duque Cosme II de Toscana y de la archiduquesa María Magdalena de Austria-Estiria (hija de Carlos II de Estiria, archiduque de Austria, y de María Ana de Baviera.
Era, además, hermana menor de la emperatriz Claudia Felicidad de Habsburgo, segunda esposa del emperador Leopoldo I de Habsburgo.
Se sabe muy poco de su vida, ya que murió muy joven.
Está enterrada en la cripta de la iglesia de los Jesuitas de Innsbruck.