María Comneno Ducas (en griego: Μαρία Κομνηνή Δούκαινα), fue una princesa epirota y condesa consorte de las islas de Cefalonia y Zacinto.
[1] Hacia 1283 o 1284, María o su media hermana, Tamar, fue prometida en matrimonio con su primo Miguel, hijo de Juan I Ducas, gobernante de Tesalia, pero este cayó en una emboscada tendida por los bizantinos cuando llegó a Epiro y lo enviaron a Constantinopla donde perecería en prisión años más tarde.
[2] En 1291, su padre inició negociaciones con el rey Carlos II de Anjou, lo cual provocó que los bizantinos invadieran su territorio.
Con la ayuda de los latinos, consiguió derrotar a los bizantinos, que asediaban la ciudad Ioánina.
María vivió en Epiro hasta 1303 o 1304, cuando su suegro fue asesinado por uno de sus caballeros, y Juan lo sucedió.