En 1916 se casó con Aurelia Pozueta Aristizábal, con quien tendría una hija, Miren, falleciendo su esposa en 1918.Se afilia al Partido Nacionalista Vasco, y en 1921, los nacionalistas se presentan junto a los carlistas a las elecciones en la coalición "Alianza Foral", tras la cual Irujo consigue un acta de diputado para la Diputación Foral de Navarra en 1921, siendo reelegido en 1923.Abandonó el cargo, entre otras razones, por la represión que el gobierno llevó a cabo contra el Partido Obrero de Unificación Marxista (POUM), pero quedó como ministro sin cartera hasta agosto de 1938.Siguiendo la cambiante posición del PNV (rupturista durante la Guerra Mundial, colaboradora con el resto del exilio español tras la Guerra) creó y presidió el Consejo Nacional de Euzkadi entre 1940 y 1942, período durante el cual propondría la creación de la República Vasca.Ese año fue elegido senador por Navarra en las listas del Frente Autonómico.
Placa en memoria de Don Manuel colocada en la fachada de su casa natal en Estella.
