Nin y Maurín pasaron a ser los grandes "líderes carismáticos" del POUM.

Su heterodoxia dentro del comunismo les hizo quedar marginados y enemistados con una Komintern disciplinada a la dirigencia de la URSS.

Siendo por definición un partido marxista revolucionario, en el POUM había una pluralidad de tendencias internas.

También el BOC aportó catalanistas de extrema izquierda (Josep Rovira i Canals) y sindicalistas revolucionarios (como el mismo Maurín).

Según las tesis del POUM, el proletariado solo puede tener una actitud: sostener activamente el derecho indiscutible de los pueblos a disponer libremente de sus destinos y a constituirse en estado independiente, si esta es su voluntad.

Esto se justificó porque el programa del Frente Popular, aun cuando limitándose a proponer ciertas reformas económicas que no suponían ruptura alguna con el capitalismo, incluía la amnistía para los que hubieran participado en el movimiento revolucionario de octubre de 1934, y porque ni el PCE ni el PSOE aceptaron una coalición electoral socialista que excluyera a los partidos republicanos "burgueses".

[cita requerida] El inicio de la Guerra Civil sorprendió a Joaquín Maurín en Galicia, organizando la sección gallega del POUM.

En Barcelona, se le creyó inicialmente muerto por los rebeldes, con lo que Andreu Nin pasó a ser secretario ejecutivo (rechazó el puesto de secretario general para honrar la memoria de Maurín).

Sin embargo, sí actuaron contra el POUM, que también se había mostrado partidario de unir la revolución y la guerra, pero no era una organización tan numerosa como la CNT.

[cita requerida] Seis días después de su detención, Nin es misteriosamente secuestrado.

La vista se celebró a puertas abiertas, contando los encausados con abogados de su libre elección y siendo registrado íntegramente el proceso por taquígrafos.

Acudieron periodistas y observadores internacionales, entre los que se vio a la anarquista Emma Goldman.

Finalmente se les condenó a prisión por "actos subversivos contra el gobierno", hechos que reconocieron los propios acusados durante la sesión; meses después, al acercarse las tropas de Franco a la cárcel donde cumplían condena, fueron puestos en libertad por el director de la misma para que no fueran represaliados, pasando seguidamente a Francia como refugiados políticos.

[13]​ La intervención de Largo Caballero, el catalanista Josep Tarradellas y la anarquista Federica Montseny evitaron la condena a la pena capital.

[cita requerida] Para aquella época la represión previa y numerosos asesinatos habían afectado al POUM, que sobrevivió en la clandestinidad hasta el final de la guerra, pasando directamente a la lucha clandestina contra el franquismo.

[15]​ El POUM fue investigado por traición, entre otras cosas por guiar al dirigente húngaro de las Brigadas Internacionales, Lukács, a una emboscada a los "nacionales" que acabó con su vida y puso en serio peligro la defensa del frente contra las tropas franquistas.

[cita requerida] En el año 1947, Wilebaldo Solano pasó a ser el nuevo secretario general del POUM.

Al tiempo, los diversos grupos políticos que se reclaman herederos del PCE histórico mantienen acusaciones similares, aunque rebajadas de tono, contra el POUM a las que se le han hecho desde 1937.