No obstante poco después fue amnistiado por el gobierno de Alejandro Lerroux y regresó a filas.
[12] Ante la situación de bloqueo, y tras los duros combates que tuvieron lugar, Goded acordó rendirse.
[13] Sería arrestado por las autoridades republicanas en la tarde del mismo 19 de julio, siendo obligado a confesar por radio el fracaso del levantamiento y su rendición:[14] Su voz se oyó en toda España y dio ánimos a los partidarios de la República en el resto del país.
[14] Poco después fue llevado al barco-prisión Uruguay junto a otros rebeldes capturados, donde quedó encarcelado.
[16][17] Al día siguiente, 12 de agosto, Manuel Goded fue fusilado junto a otros militares (como Álvaro Fernández Burriel) en los fosos del castillo de Montjuic.