Se destacó como fundador de instituciones académicas, así: En 1885 y 1892, con Lorenzo Lleras, Antonio José Iregui, Aníbal Brito y Francisco Montoya en la fundación del Colegio Académico,[2] primero, y el Liceo Mercantil, después con el propósito de «fundar escuelas privadas a donde no llegaran los inspectores eclesiásticos a imponer textos ni mucho menos a ejercer tutelaje sobre los profesores laicos».
[3] En 1886, con Luis Antonio Robles, Simón Araujo y José Herrera Olarte apoyando a Nicolás Pinzón Warlosten en la fundación del Externado de Derecho,[4] «la primera institución universitaria laica del país»[5] y la octava universidad que se creaba en Colombia.
[6] Tuvo bajo su tutela al Astrónomo Julio Garavito Armero.
Con Nicolás Pinzón Warlosten, Luis Antonio Robles, Simón Araujo y José Herrera Olarte, Manuel A.
Rueda se unió en 1890 con Antonio José Iregui, José Herrera Olarte y Luis Antonio Robles para crear "una Universidad Libre, Laica, Externa a lo confesional y oficial",[9] después de "cinco años de existencia" del Colegio Académico, como consecuencia del "desarrollo natural de las cosas... surgió la idea de establecer la Universidad Republicana",[10] En este propósito lo acompañaron mentalidades e intelectuales colombianos de finales del siglo XIX, a saber:[11]