Quedó huérfano a los doce años de edad,[2]​ siendo acogido por su tía María Ignacia Arboleda Arboleda, viuda del general Tomás Cipriano de Mosquera, que lo crio en Popayán.

En este período de su vida contrajo malaria y desde ese momento su salud empezaría a sufrir frecuentes quebrantos.

En 1905 fue nombrado rector del seminario diocesano de Popayán, en cuyas aulas había sido formado.

[7]​[8]​ Tras su consagración, Arboleda recibió honores militares por parte del batallón "Calibío" en la Plaza de Bolívar y a continuación el Presidente Reyes ofreció un banquete en el Palacio de San Carlos en honor del arzobispo, acto en el que el jefe de Estado y el alto prelado intercambiaron discursos pletóricos de referencias al saludable estado por el que atravesaba la relación Iglesia-Estado en ese momento: Colombia aún no se recuperaba plenamente del impacto ni del saldo trágico que había dejado la Guerra de los Mil Días.

Luego, se desplazó a la capital del Cauca en compañía del Nuncio Apostólico, con paradas en varias poblaciones de su vasta arquidiócesis, entre ellas Salento, Filandia, Cartago, Buga y Palmira, antes de llegar a Cali, en donde se le tributaron varios homenajes y, finalmente, a Popayán, ciudad que se había preparado para recibir al arzobispo de la manera más solemne posible: «Las calles por las que debía verificarse la entrada fueron engalanadas, la víspera, con exquisito gusto, desde el extremo norte de la avenida de Bolívar hasta la Catedral Metropolitana.

[17]​ Durante ese tensionante proceso de reordenamiento territorial, Arboleda intercedió ante el Gobierno nacional para que al líder político, médico y filántropo bugueño Ignacio Palau y Valenzuela, artífice de la creación del departamento del Valle del Cauca, le fuese conmutada la pena de confinamiento a Mocoa a que se lo había condenado por "antipatriota" y "perturbador del orden", y se le permitiese cumplirla en Popayán, lo cual le fue concedido.

Durante su estadía en la capital italiana el papa Benedicto XV lo nombra prelado doméstico asistente al solio pontificio y de regreso a Colombia hace escala en París para recibir atención médica.