Tal conocimiento, junto con la práctica de la guerra naval que ya había obtenido en India, contribuiría en gran medida a respaldar su reputación de gran competencia en las artes militares.En 1570, escribiendo al rey Sebastián, Ataíde afirmaba haber logrado patrullar los mares con tanta eficacia que en ese año solo 2 barcos habían logrado escapar del control portugués, viajando desde Calicut a La Meca, frente a los 16 o 18 barcos de años anteriores.Al sultán de Bijapur, que marcharía sobre Goa, esta ciudad y Honavar deberían pertenecer.[7] Cercado en Goa por el numeroso ejército del mencionado Ali Adil Shah I (35 mil jinetes, 60 mil infantes y 2 mil elefantes, según fuentes contemporáneas), D. Luís de Ataíde logró enviar ayuda a Chaul (pese a la oposición eclesiástica y de otros círculos en Goa, que aconsejaban abandonar la plaza) y realizando frecuentes contraataques.[8] En otras palabras, logró superar el último gran desafío político y militar que enfrentó el Estado da Índia, antes de la llegada de nuevos opositores europeos a la región.El recibimiento del monarca portugués a D. Luís de Ataíde fue verdaderamente "triunfal", como nunca antes un virrey había sido tan recibido a su regreso al reino.[12] Debido a su experiencia militar en Europa y la India, fue designado por el rey Sebastián I para encabezar la expedición militar a Marruecos, que acabaría con el desastre de la batalla de Alcazarquivir.[15] También dedicó su atención a los intereses portugueses en la isla de Ceilán, dándoles prioridad en la asignación de recursos militares, que no fueron suficientes para ayudar a todas las vastas posesiones del Estado da Índia.Una frase que se le atribuye poco antes de su muerte ("Me muero cuando todo es contra Portugal") no se menciona en las fuentes del siglo XVI y, aunque fuera pronunciada, podría interpretarse como una mera resignación ante la evolución de la lejano reino, que no podía ser influenciado desde Goa.Además, Ataíde conocía bien los poderosos ejércitos de Carlos V, con los que luchó, y había compartido personalmente con el hijo del emperador, Felipe II, y su jefe militar, el III duque de Alba, por lo que no parece plausible que creía en una victoria militar del pretendiente D. António contra tan formidables oponentes.[2] Su cadáver fue depositado en la iglesia Reis Magos en Goa, y luego fue trasladado a Portugal.(Según fuentes de la época, también tenía dos bastardos, que no legitimó).
La ciudad de
Honavar
, conquistada por D. Luís de Ataíde en 1569 (en la imagen se puede ver la Fortaleza construida por los portugueses)
D. Luís de Ataíde, en el retrato oficial como virrey en Goa
El famoso retrato póstumo de
Luís de Camões
, ofrecido a D. Luís de Ataíde, en Goa, por su sucesor en el gobierno de la India, Fernão Teles de Menezes