Estas lenguas pertenecen a diferentes familias lingüísticas entre las que no se ha probado un parentesco cercano.
El criterio para considerar las lenguas andinas es especialmente geográfico; sin embargo, también existen ciertos rasgos tipológicos que se dan en la mayoría de ellas que permitirían considerar a la región andina como un área de convergencia lingüística.
[3] Sin embargo, algunos autores como J. Greenberg y M. Ruhlen sostienen que las lenguas andinas formarían una unidad filogenética válida o macrofamilia dentro de las lenguas amerindias.
La propuesta de que las lenguas anteriores constituyen una unidad filogenética, así como la división propuesta para la misma, es considerada como altamente especulativa por la mayoría de los lingüistas.
[5] Por esa razón, esta clasificación no ha sido ampliamente aceptada por los especialistas en estas lenguas.