Se desarrollaron áreas urbanas centrales complejas, como aldeas y pueblos, que se expandieron en la cuenca del Poopó durante el período Formativo Tardío (200 a. C. – 200 d. C.), probablemente en conjunto con cambios en los patrones de agricultura.En las laderas de los cerros con suelos rocosos destacan la Parastrephia quadrangularis y diferentes especies del género Baccharis.Es común encontrar cactáceas del género Trichocereus, que alcanzan alturas de hasta 5 m, y Opuntia, con crecimiento en cojín.También abundan los pajonales con dominancia de Stipa ichu y Festuca orthophylla.El agua está cubierta en un 68% de macrófitas, como las charáceas (Chara poopensis), rubiáceas (Ruppia sp.)El lago Poopó representa un importante hábitat para aves andinas y limnícolas del Neártico, que en conjunto suman más de 30 especies.Entre las aves residentes se encuentran las tres especies de flamencos Phoenicopterus chilensis (NT), Phoenicoparrus andinus (VU) y Phoenicopterus jamesi (NT), el ganso andino o colla (Chloephaga melanoptera), varias especies de patos (Anas flavirostris, Anas georgica, Anas puna, Anas specularioides, Oxyura jamaicensis), Gallinula chloropus, Fulica ardesiaca, Charadrius alticola y la gaviota andina Larus serranus.El brazo derecho del río Desaguadero, actualmente está colmatado de sedimentos y solo funciona de manera precaria, el lago solo recibe de manera regular las aguas saladas y contaminadas que previamente renovaron el lago Uru Uru.[5] En los años 1987-90, como consecuencia de las grandes crecidas en el río Desaguadero, la producción pesquera del lago Poopó se incrementó (llegando a alrededor de 3000 t/año) y se contaron hasta 500 pescadores.En el Desaguadero, en la Joya (antes del Poopó), se disponen en media tan solo 39 m³/s (agua regulada o regulable) (entre 29 m³/s y 55 m³/s), de los cuales 10 m³/s provendrían del lago Titicaca (si los recursos se dividieran en partes iguales entre los dos países), y 29 m³/s (entre 19 m³/s y 45 m³/s), provenientes de sus afluentes, si no se tuviera en cuenta los posibles aprovechamientos a lo largo del río: es decir que la supervivencia del lago Poopó depende casi exclusivamente de aguas no reguladas o de derivaciones de otras cuencas (Ej.Los efectos ambientales se traducen en bajas de la producción y productividad agropecuaria.Un estudio sobre la degradación ambiental de los recursos pesqueros del lago Poopó, realizado por Víctor Zabaleta y Michael Bremer, hace conocer que la presencia de metales, como plomo, cobre, plata, cadmio, cobalto, níquel, cromo, estaño, hierro, manganeso, antimonio y zinc, se dan de forma excepcionalmente alta, citando, como ejemplo, que el plomo está 300 veces más alto en el lago Poopó que en el promedio de los lagos mundiales.
Cristales de sal formados en huellas en el Lago Poopó.
Simulación matemática de los niveles del Lago Poopó