Se casó en 1606 con María Magdalena de Biglia, en Milán, († 1654 en Gratzen en Bohemia del Sur).
A principios del siglo XVII, Charles Bonaventura von Buquoy combatió junto al ejército Español en Flandes en su lucha contra Franceses y Holandeses, donde obtuvo sus primeras menciones.
En la lucha contra los nobles rebeldes y la Unión Protestante en Bohemia del Sur, construyó su campamento militar en Dráchov.
En la continuación de los combates en Netolice Buquoy conquistó varias ciudades y castillos bohemios.
Incluso el castillo protestante perteneciente a Neidegg Albrechtsberg en los Grandes Krems fue devastado.
El mando supremo de sus tropas pasó a Rudolf von Tiefenbach.