Regresó al servicio militar veinte años después para servir en la Guerra del Pacífico, durante la cual luchó en la defensa de Lima.

Sobrevivió a una herida en la pierna y fue tomado como prisionero de guerra, siendo confinado en Chile durante tres meses.

Ya jubilado y alejado totalmente de la vida pública, se retiró a Ancón, donde murió en 1921.

[2]​ Tenía sólo dieciséis años cuando su padre lo puso a cargo de la plantación, que se llamaba «Tulape».

[7]​ Rápidamente se involucró en el combate; ese mismo año, había estallado en todo el país una guerra civil.

[1]​[2]​[7]​ Luego, ya con el grado de coronel, fue trasladado con su unidad al pie del Morro Solar, en la hacienda Villa, en Chorrillos.

[9]​ Peleó hasta quedar sin municiones y fue herido en la pierna derecha, siendo tomado prisionero.

[12]​ Borgoño, por encargo de Cáceres, tomó el mando del Batallón Zepita N.º 2,[13]​ al que disciplinó e instruyó con mucho celo.

[1]​[2]​ Luego se dirigió a Arequipa, donde inició una activa colaboración con la revolución acaudillada por el general Cáceres.

[1]​[2]​ Al frente de sus tropas marchó hacia Concepción (Junín), donde se unió con las fuerzas del general Cáceres.

Luego se le encargó el desarme de las partidas irregulares que todavía actuaban en Lambayeque, La Libertad y Cajamarca.

[3]​ Borgoño fue elegido diputado por su natal Trujillo, ejerciendo dicha representación de 1886 a 1889.

[22]​[23]​ El encargado de asumir el mando constitucional era el primer vicepresidente Pedro Alejandrino del Solar, pero este se había enemistado con los círculos caceristas al denunciar el doloso apoyo que el gobierno estaba dando a Cáceres.

Todo esto se hizo con apariencias de legalidad, alegando que el primer vicepresidente había cedido voluntariamente el poder a Borgoño.

[24]​[23]​ En realidad, Del Solar había protestado contra la marginación sufrida, mediante cartas.

Primero reclamó ante el Consejo de Ministros que no se le entregara el poder cuando Morales Bermúdez estaba ya incapacitado físicamente.

[25]​ Aparentemente, siguieron la norma constitucional, invocándose el artículo 91 de la Constitución vigente, que establecía que, a falta del presidente y del primer vicepresidente, asumía el poder el segundo vicepresidente.

[2]​ También persiguió a miembros del opositor Partido Civilista, siguiendo las órdenes de Cáceres.

[33]​ Esto último era un acto claramente inconstitucional pues solo se podía renovar el Congreso por tercios.

Borgoño buscaba así allanar el camino para la elección del general Cáceres, quien, representando al Partido Constitucionalista, se presentó como único candidato, obteniendo el triunfo.

[30]​ Instalado el nuevo Congreso, este revisó las actas electorales y reconoció el triunfo de Cáceres.

Ambos partidos dejaron de lado sus diferencias y formaron la Coalición Nacional, que pasó a la ofensiva en todo el país.

[35]​[36]​ Luego de que Piérola asumiera la presidencia, Borgoño decidió abandonar el Perú y trasladarse a Argentina, donde trabajó nuevamente en emprendimientos agrícolas.