El complejo arqueológico estuvo abandonado por muchos años, se usaba como muladar e incluso servía para la práctica del motocross.

La técnica constructiva predominante consiste en colocar los adobes en posición vertical con la argamasa en la base y en la parte superior dejando a los lados pequeños espacios vacíos; esto le da un aspecto de libros en un estante, motivo por el cual el estudioso Pedro Villar Córdova le denominó ‘técnica del librero’.

La cerámica corresponde a las fases tardías del estilo Lima caracterizada por la presencia de tres colores: rojo, blanco y negro, teniendo casi siempre decoración inspirada en motivos marinos como tiburones, olas, lobos de mar, anguilas, pulpos, etc.

Las poblaciones que tributaban a Pucllana y requerían sus servicios religiosos fueron agricultores y pescadores, debiendo estos últimos tener cierta importancia debido a la reiterativa presencia de figuras asociadas al mar halladas en diversos objetos rituales.

Debido a la costumbre de remodelar constantemente el edificio, muchos muros y otros elementos arquitectónicos fueron destruidos por los constructores antes de los trabajos para la nueva arquitectura, lo que dificulta un poco la interpretación acerca del manejo del espacio.

En la segunda etapa, se construyeron adobes paralepípedos cuadrangulares a fines de Lima Medio.

Los restos humanos hallados en medio de los rellenos o sobre los pisos cubiertos consisten mayoritariamente en mujeres jóvenes; por ejemplo, en Hatun Pata (plaza grande) se encontraron 26 mujeres sacrificadas, no se sabe con exactitud las razones; sin embargo, se maneja la hipótesis de un ritual de reconstrucción dado que los lima reconstruían periódicamente sus espacios por la llegada de un nuevo líder al lugar, una línea que llevaba la destrucción, ofrendas y reconstrucción que solo eran dadas en la parte inferior del santuario.

De igual manera, se sacrificaban varones y niños, pero en cantidad mucho menor.

Los cuerpos fueron colocados entre el relleno apenas envueltos en sencillas telas, sin ofrendas de ningún tipo.

La mayor parte de las vasijas halladas en estos contextos son para cocer alimentos y para servirlos.

Por último, en unas excavaciones realizadas en 2007, se encontraron dos restos humanos en la quinta plataforma, que estaban relacionados con sacrificios.

Además, los restos de estos dos individuos se usaron como base para la última construcción hecha en dicha plataforma, ubicada temporalmente en el Horizonte Medio 1B.

[3]​ En las sociedades asentadas cerca al mar, los peces son una temática recurrente en sus manifestaciones culturales como la cerámica y los textiles.

Entonces, en el plano de la iconografía, la figura del tiburón tuvo un carácter simbólico en Huaca Pucllana.

En 1984 se inauguró una pequeña sala de exposiciones que permite exhibir los principales hallazgos realizados en el sitio.

Asimismo, el visitante tiene la oportunidad de observar a los arqueólogos trabajando pues las zonas intervenidas no se ocultan al público.

Diversas plantas como maíz, pacae, guayaba, tuna, tara, guarango, etc. se exhiben junto a camélidos sudamericanos, patos criollos o joke en lengua muchik, cuyes y perros peruanos sin pelo.

Esta edificación se construyó en un lapso que abarca el periodo denominado Intermedio Temprano hasta inicios del Horizonte Medio.

Luego, será abandonado por razones aún desconocidas y la élite Wari lo aprovechará como cementerio.

Más adelante, serán los Ichma quienes se apoderen del sitio para continuar con sus rituales y prácticas religiosas hasta la llegada de los españoles.