Aunque posteriormente sus funciones fueron asumidas por los gobernadores, la junta no fue disuelta y sus medidas continuaron siendo aplicadas hasta el final del dominio español en Chile.
Las ciudades destruidas no fueron reconstruidas ni se realizaron nuevas fundaciones hasta el siglo XVIII, excepto Valdivia que fue repoblada en 1645 y quedó bajo la dependencia del virrey del Perú como cabecera del Gobierno de Valdivia.
El rey aprobó el plan y ordenó su ejecución por real cédula del 26 de abril de 1703, pero los gobernadores no lo llevaron a la práctica.
Buscaba disminuir el poder de los encomenderos y de algunas órdenes religiosas que daba lugar a abusos contra los indígenas, que se rebelaban.
Todas las villas debían tener cabildos compuestos de un alcalde ordinario y 4 regidores (entre ellos el alcalde provincial y el alguacil mayor), pero la mayoría de ellos fueron suprimidos por el gobernador Domingo Ortiz de Rozas y no fueron repuestos hasta fines del siglo.
En 1750 el fiscal de la Audiencia dictaminó que las nuevas fundaciones no los tuvieran.
Los indígenas que se redujeran a vivir en los nuevos pueblos quedarían exentos del servicio personal y de los tributos, concediéndose distinciones a los caciques.
El rey dispuso también la venta de seis títulos de nobleza (conde o marqués) por parte del gobernador y premios por cada población que fundara.
[2] Entre las atribuciones que la real cédula confería a la junta se hallaban las de elegir los lugares para las fundaciones que decidiera realizar, administrar las erogaciones necesarias y tomar las medidas para el fomento de las poblaciones.
[3] El gobernador mandó vender en Lima los 6 títulos de nobleza y devolvió al rey los premios que se le asignaban en consideración de que las poblaciones ya estaban fundadas al momento de recibir la real cédula.
Cuando el nuevo rey Fernando VI recibió la información sobre lo actuado por la junta, lo aprobó y mandó que no se descuidasen los pueblos de indios y se creasen otros nuevos.
En ese período se fundó en 1765 la Villa de San Luis Gonzaga (Rere), que pasó a ser cabecera del nuevo Corregimiento de Rere.
Luego de eso no volvió a reunirse.
En 1789 refundó Petorca, Illapel y La Ligua, que se habían casi despoblado.