Cisneros, dice Marcel Bataillon, «la protege y se declara garante de sus éxtasis».

[3]​ Elegida abadesa en 1509, predicaba sus sermones en éxtasis y «como muerta», y los transcribía otra monja que le hacía de secretaria, sor María Evangelista, quien había aprendido milagrosamente a leer y escribir para copiar al dictado los setenta y dos sermones de la beata reunidos en el Libro del Conorte (por conforte o confortar),[4]​ manuscrito redactado a partir de 1509 y conservado en la Real Biblioteca del Monasterio de San Lorenzo de El Escorial.

También en 1614 su cuerpo, que en un examen en 1600 se había hallado incorrupto, fue colocado en una urna de plata,[12]​ dando inicio al proceso diocesano para su canonización que dio paso al proceso apostólico abierto en Roma en 1621.

[14]​ Las mutilaciones y notas marginales en el manuscrito demuestran, según Zarco Cuevas, que su ortodoxia cayó en graves sospechas.

Entre ellas citaba algunas revelaciones sobre el Purgatorio, que según afirmaba la monja algunas almas pasan en hielos, ríos o piedras, opinión que sin embargo encontraba autorizada con Tomás de Aquino, o el suceso milagroso que mejor caracteriza a sor Juana: el de los rosarios y cuentas que su ángel de la guarda llevó al cielo y le devolvió bendecidos por Cristo con notables privilegios e indulgencias, «y aunque este milagro es muy superior a todos quantos en esta materia yo he leído, harase fácil de creer, considerando, que en las historias sagradas [...] se hallan otros muy semejantes».