Juan de Schleswig-Holstein-Sonderburg era el cuarto hijo del rey Cristián III de Dinamarca (1503-1559) y Dorotea de Sajonia-Lauenburgo (1511-1571).
Su hermano mayor el rey Federico II de Dinamarca (1534-1588) le cede una parte de Schleswig-Sonderburg (conocido actualmente como Sonderburg danés).
Al morir el rey, su hermano apoyó activamente a su cuñada Sofía de Mecklemburgo-Güstrow durante la minoría de edad de su sobrino Cristián IV de Dinamarca (1577-1648).
En 1568 contrae matrimonio con Isabel de Brunswick-Grubenhagen (†1586), hija del duque Ernesto V de Brunswick-Grubenhagen.
Con ella tiene otros nueve hijos: