Su dominio incluía inter alia los territorios de Sonderburg, Norburg, Ærø, Plön y Ahrensbök junto con sus Ämter asignados u oficinas administrativas.
No obstante, la división no fue reconocida por los nobles locales, quienes la consideraron ilegal, y el ducado fue gobernado por el Duque Juan como abgeteilter Herr, i.e.
un gobernante que no tenía el asentimiento de sus terratenientes locales.
Después de la muerte del Duque Juan en 1622, el ducado fue dividido entre aquellos hijos quienes eran herederos legales y, como consecuencia, la Casa de Schleswig-Holstein-Sonderburg produjo varias líneas colaterales.
Estas nuevas líneas algunas veces solo perduraban un corto tiempo antes de que sus propiedades pasaran a otras líneas como resultado de herencias o bancarrota, o incluso volvían a la casa real danesa.