Como adolescente realizó un tour educacional por Europa, como era típico para los jóvenes nobles de su tiempo.
Esto le llevó a Holanda, Inglaterra, Francia e Italia.
Cuando su padre, el primero de los denominados abgeteilte Herren (duques titulares que no eran reconocidos por los terratenientes locales), murió en 1622, el ducado fue dividido entre sus hijos, resultando en cinco ducados aún más pequeños.
Además de su nueva ciudad residencia de Plön su estado incluía Ahrensbök y Reinfeld.
En ocasión de su matrimonio con la Princesa Dorotea Augusta, una hija de Juan Adolfo de Holstein-Gottorp, Joaquín Ernesto comisionó la demolición del viejo castillo en 1632 y construyó el Castillo de Plön entre 1633 y 1636 como residencia y sede de gobierno.