Era el hijo de Juan II de Schleswig-Holstein-Sonderburg y su esposa Isabel de Brunswick-Grubenhagen.
Cuando su padre murió en 1622, heredó la región en torno a Norburg en la isla de Als y así se convirtió en primer duque de Schleswig-Holstein-Sonderburg-Norburg.
Estaba comprometido con María Eduviges, una hija del duque Ernesto Luis de Pomerania-Wolgast, aunque ella murió en 1606, antes de que el matrimonio pudiera tener lugar.
Juan Adolfo murió soltero en 1624.
Su hermano Federico heredó su título y su territorio.