Al igual que sus hermanos, pasó la mayor parte de su infancia lejos de Dinamarca, en su caso, con su tío materno y su abuelo en Mecklemburgo.
Una de sus tres hermanas era la princesa Ana, futura reina de Inglaterra y Escocia, y su hermano mayor se convirtió en el rey Cristián IV.
Según la etiqueta de la época, Juan no vio inmediatamente a la novia, en cambio, pasó el tiempo con formalidades y negociaciones.
En 1637, el rey Cristián IV le pidió al zar Miguel I de Rusia poder repatriar los restos de su hermano a su tierra natal, tras ser aceptada su petición, envió un barco a Narva.
Los restos, encontrados en la tumba en presencia del embajador danés, fueron por orden del zar, depositados en un nuevo ataúd y enviados a Narva, donde tras ser puestos en el barco fueron trasladados a Dinamarca para su entierro definitivo.