Esta actitud le valió numerosas mercedes del monarca, aunque también las represalias de los comuneros.

A pesar de no existir en los archivos parroquiales fuentes que acrediten una fecha certera, Juan Zumel debió nacer, según el historiador Domingo Hergueta y Martín, hacia el año 1473, aunque no está claro si en Burgos —como habitualmente se cree— o en Valladolid,[1]​ donde además de doctorarse en su Universidad, contrajo matrimonio con Catalina de Estrada y se desempeñó como regidor y gran protector del Hospital de Esgueva.

Allí, también, dispuso de casi todas sus propiedades: tres casas en la «Hacera» —aportadas por su esposa— y otra casa principal que lindaba con estas, situada en la «boca de la Plazuela Vieja», que compró tras su matrimonio.

[2]​ En Burgos, en cambio, no dejó a su muerte más que noventa libros.

[10]​ Desde comienzos del siglo XVI, la ciudad de Burgos había querido impedir que la abadesa de las Huelgas ejerciese la jurisdicción civil y criminal sobre el Real Monasterio y Hospital del Rey.

En 1516, ya como alcalde mayor, Juan Zumel se dirigió allí con un escribano y algunos hombres armados, pero entonces se encontró con la oposición del merino del monasterio, que le cerró las puertas.

[12]​ Consultado el caso con el presidente y los oidores del tribunal, el 2 de diciembre de 1516 se le ordenó a Zumel que soltase a los presos bajo pena de 50 000 maravedíes, y al concejo burgalés que no innovase nada en la cuestión hasta la resolución del pleito.

[13]​ Sin embargo, Zumel no desistió en su actitud, sino que envió al alcalde del compás un pregonero acompañado de hombres armados para que emplazase a ciertos vecinos, al mismo tiempo que el procurador de la ciudad ponía una demanda contra el representante del monasterio.

[25]​ Zumel habría respondido que su intención era advertir a Carlos de las necesidades que sufría el reino para así evitar de ese modo cualquier alteración o desacato contra su autoridad.

[25]​ El 5 de febrero Carlos confirmó las palabras del discurso leído por Mota y Juan Zumel se levantó del asiento para agradecerle su venida a Castilla y reiterar los pedidos manifestados anteriormente.

[33]​ Para el historiador navarro, dicha concesión no condicionó en nada la actitud de Zumel porque, de hecho, era completamente normal que los monarcas concediesen mercedes a los procuradores, sobre todo en las Cortes en las que eran jurados como tales.

[34]​ E incluso convino en mencionar otra más, fechada un día después que la anterior y por la cual se autorizaba a Zumel a renunciar cuando, como y en quien quisiera su oficio de escribano mayor de Burgos.

[40]​[41]​ Además, dos días después recibió la comisión del concejo para rogar a Carlos que prolongase su estancia hasta el día 27 de febrero, a lo que el rey accedió.

Burgos, ciudad en la que residía Zumel, se unió también a la revuelta generalizada contra el monarca.

[46]​ El apoyo de Zumel a la causa realista, por su parte, no se limitó al aspecto político, pues también prestó 15 000 ducados a los virreyes, siempre necesitados de numerario para continuar la guerra.

En la misma sesión también lo comisionaron para que, junto con Juan de Rojas y el regidor Santander, escribiese una carta al Consejo Real.

En la sesión del 27 de dicho mes recibió también la misión de negociar con el Consejo las concesiones obtenidas respecto a las ferias, mercados y posadas, y para pedir que la Chancillería se instalase en la ciudad.

Meses antes, quizás en abril, había sido designado capitán de las huestes burgalesas que se unirían al ejército del condestable.

[52]​ Con ella y otros bienes robados en Burgos la pérdida fue calculada por el condestable en más de 4000 ducados.

[58]​ Esta misión, en consonancia con las numerosas sentencias a muerte que pronunció por esos meses, le valió la enemistad de los toledanos.

[55]​ El rey también le concedió 120 000 maravedíes en concepto de remuneración por los robos y daños recibidos en Burgos,[55]​ aunque al parecer luego se mostró reacio a abonarle dicha cantidad.

Pero como era menor de edad, recibió como curador o tutor a Juan Zumel, quien desde dicha posición acompañó, en 1525, la firma de un convenio que permitía al hijo del aristócrata rebelde heredar las partes del feudo que todavía no hubiesen sido enajenadas y negociar con los compradores la devolución del resto de las tierras.

[76]​ El burgalés pronunció sentencia el 12 de septiembre de 1523, pero como las partes en conflicto se mostraron reacios a aceptarla, el 10 de octubre del mismo año, en Valladolid, tuvo que dictar una nueva concordia, en la que sentenció que Medina de Pomar pagase 83 pechos y un tercio y las vecindades o aldeas 40 pechos y los tres cuartos restantes, graduando cada pecho en 527 maravedíes y medio.

[17]​ Y años más tarde fue designado por estos alcalde mayor de Villalpando.

[81]​ Una semana después se le encargó, junto con otros, la redacción de un memorial dirigido al Consejo Real y que trataba sobre los eclesiásticos.