Juan Santos desapareció misteriosamente hacia el año 1756, desconociéndose la fecha y las circunstancias de su fallecimiento.

Juan Santos afirmaba ser un descendiente de los incas nacido en el Cuzco y criado por los jesuitas.

La idea de la rebelión surgió entonces en Juan Santos, al comprobar la desalmada dominación española que ejercían con total impunidad.

Se propuso restaurar el trono de sus antepasados y dar la libertad a los indios.

Su meta era restaurar el Imperio inca y expulsar a los españoles y a sus esclavos negros, para inaugurar un nuevo régimen de prosperidad, aunque aseguró que la religión de todos seguiría siendo la católica.

Toda esa zona era conocida con el nombre del Gran Pajonal y era territorio de las misiones franciscanas.

Juan Santos llegó a contar con más de 2000 hombres, con los cuales logró controlar la selva central, territorio que, por lo demás, no se hallaba eficazmente regulado por el poder virreinal.

Así se hizo y Troncoso llegó hasta Quisopango, en donde encontró alguna resistencia, pero logró ahuyentar a los indios.

Desde Tarma salieron fuerzas coloniales para ir en su búsqueda, pero el caudillo mestizo logró ponerse a salvo.

Al año siguiente, los españoles organizaron una expedición a Quimiri (hoy La Merced), en el valle de Chanchamayo.

Juan Santos, que estaba al tanto de todos los movimientos del adversario, planeó atacar a la pequeña guarnición.

Finalmente, Juan Santos decidió atacar el fuerte y todos los españoles fueron muertos.

El marqués de Menahermosa maniobró para dar alcance a Juan Santos, pero este logró eludirlo.

Para otros habría subido al cielo rodeado de nubes, y volvería en un futuro a la tierra.

Para Ossio, Juan Santos Atahualpa asumió atributos para destacar su condición de mesías restaurador del orden.

Sea como fuera, lo cierto es que el accionar de Juan Santos tuvo un dilatado efecto en la región, pues colonos y misioneros no volverían a ingresar a la selva central peruana durante un siglo hasta ya conformada la República del Perú.

Los frailes Manuel del Santo y Domingo García en misiva dirigida al Padre Comisario Fray José Gil Muñoz, dieron la primera noticia de Juan Santos Atahualpa en que dice: Viene a este pueblo de Pichana, en donde encontré al padre solo, sin gente, que todo se le había huido, contra su voluntad; y estando para salir abajo, mañana tres de junio, llegaron los negros que fueron al Pajonal, el Congo y Francisco, muy azorados y trabajosos, con las noticias y novedades que el Inca les dijo para que hablasen.

Su ánimo es, dice, cobrar la corona que le quitó Pizarro y los demás españoles, matando a su padre, (que así le llama al Inca) y enviando su cabeza a España.

En cuanto al supuesto trato de Juan Santos con los ingleses, sobre lo cual no hay mayor información documental que lo confirme, se puede, sin embargo, lanzar algunas hipótesis a partir de ciertas circunstancias por entonces acaecidas, tal como lo hace Francisco Loayza.

Para Loayza este pacto no es inverosímil por los hechos antes referidos y podría haberse establecido en 1741.