[2]​ Juan José Salas se unió a la causa independentista junto con otros jóvenes iqueños y organizó la resistencia contando con el apoyo del pueblo.

[1]​ Al estar Ica amenazada por las fuerzas realistas, tanto por el norte como por el sur, se acordó que los soldados patriotas salieran de la ciudad sin hacer resistencia, pues no contaban con los medios necesarios para hacerla; aun así, los iqueños pelearon, siendo derrotados.

Tras la retirada de Bolívar regresó al Perú, donde pasó a ocupar altos cargos en el gobierno republicano.

[5]​ Tuvo una gran cercanía con el presidente Agustín Gamarra, cuya esposa, Francisca Zubiaga y Bernales, la famosa Mariscala, era sobrina suya.

Entre este y doña Francisca estalló una rivalidad enconada, en la que se vio involucrado Salas, al ser sindicado por la misma Mariscala como su consejero.

Emprendió la obra del nuevo cementerio, que vino a sustituir al antiguo de la pampa de Miraflores; se trajeron los restos del poeta y mártir patriota Mariano Melgar, que hasta entonces reposaban en Umachiri (Puno), y se les dio solemne sepultura (1833).

El presidente Orbegoso, que se hallaba en Arequipa, mandó fuerzas al mando del general Francisco Valle Riestra, que se embarcaron en Islay rumbo a Pisco, en la provincia de Ica, donde debía reunírsele Salas con más tropas.

[15]​ Salaverry nombró sucesivos Consejos de Gobierno en los que delegó el poder cuando se puso en campaña para enfrentar la invasión boliviana.

Estos Consejos, faltos de entereza y dinamismo, vinieron a ser organismos anodinos.

Salas retornó al Perú enrolado en la segunda expedición restauradora peruano-chilena organizada para destruir la Confederación.

Juan José Salas, tras abandonar la vida pública, se retiró a su tierra natal y falleció en su hacienda La Macacona en 1847.